Takashi Natsume se ha acostumbrado a sus encuentros con los youkai a través del Libro de los Amigos, que contiene los nombres de los youkai que su abuela, Reiko Natsume, ha sellado en contratos. Estos encuentros permiten a Natsume comprender mejor a los youkai, a Reiko y a sí mismo.
El Libro de los Amigos es una poderosa herramienta que puede utilizarse para controlar a los youkai; lo buscan tanto youkai como exorcistas. Natsume sólo quiere vivir su vida cotidiana en paz, pero se ve constantemente perturbado por estas experiencias. Si quiere acabar con este tormento, Natsume debe explorar más a fondo el libro y el mundo del exorcismo, así como empezar a abrir su corazón a aquellos que pueden ayudarle.
