Ciudad Academia está a la vanguardia del progreso científico y tecnológico, y es conocida por el desarrollo de los espers: aquellos capaces de ejercer habilidades sobrehumanas que alteran las reglas de la realidad. Los más poderosos de entre ellos son los de nivel 5, y el conocido como Accelerator reina como supremo, incluso después de estar debilitado por una grave lesión cerebral. A su lado se encuentra la joven conocida como Last Order, a la que, a pesar de su fría conducta, tiene muy cerca y jura proteger a toda costa. Aunque Accelerator se esté recuperando de su lesión, el lado oscuro de Ciudad Academia nunca descansa, y por ello se encuentra involuntariamente atrapado en medio de un nuevo conflicto. Cuando una misteriosa joven se acerca a Accelerator en busca de Last Order, el esper de mayor rango se enfrenta a una venenosa organización que ha echado raíces en Anti-Skill, la organización de mantenimiento de la paz de Academy City. Con fuerzas peligrosas en movimiento que amenazan con poner en peligro a Last Order y a sus hermanas, la autoproclamada villana se prepara para adentrarse en la oscuridad una vez más.
